در فوریه 25 سال 1968، مامور SAD/SOG آلکس میسون روی صندلی اتفاق بازجویی نشانده شد. او بدون اینکه بداند کجاست و بدون اینکه بازجوهایش را ببیند در مورد محل یک ایستگاه رادیویی موج کوتاه مورد سوال قرار میگیرد. در سال 1961، میسون، وودز و بومن در قالب ماموریتی موسوم به Operation 40 در محلی به نام خلیج خوک ها در کوبا، سعی در کشتن فیدل کاسترو دارند. میسون ظاهرا موفق به اینکار میشود ولی نقشه آنها به هم میخورد و میسون مجبور به ماندن برای محافظت از هواپیمای نجات میشود. او توسط کاستروی واقعی دستگیر میشود. به خاطر اتحاد با جماهیر شوروی، کاسترو میسون را به ژنرال نیکیتا دراگوویچ تحویل میدهد. میسون به مدت دو سال در Vorkuta که یک زندان کار اجباری است زندانی میشود. در طول زندانی بودن او، میسون با ویکتور رزنوف آشنا میشود که یکی از سربازان سابق ارتش سرخ است.



رزنوف مشخصات کسانی که در شکنجه میسون دست داشته اند را برای او شرح میدهد: دراگوویچ، لو کراوچنکو(دست راست او) و فردریش استاینر که یک دانشمند نازی است که به شوروی پناهنده شده است. همه این سه نفر ارتباط مشترکی با رزنوف دارند: در اکتبر 1945، رزنوف، دراگوویچ، کراوچنکو و دیمیتری پیترنکو اعضای یک واحد بودند که برای شناسایی استاینر ماموریت یافته بودند. استاینر به همراه یک واحد از SS در میدان آرکتیک مخفی شده بود. در طول عملیات، دراگوویچ به رزنوف خیانت میکند. دراگوویچ کسی است که از خلق استاینر به نام Nova-6 که یک وسیله مربوط به عصب است و روی پیترنکو قرار دارد استفاده میکند. رزنوف این سرنوشت را قبلا وقتی کماندوهای انگلیسی به روسیه حمله کرده بودند هم داشت. در حالت گیجی و آشفتگی او Nova-6 را نابود میکند. به هر حال، این بعدها دوباره توسط استاینر و یک دانشمند انگلیسی به نام دنیل کلارک برای شوروی ساخته میشود. پس از مدت کوتاهی، رزنوف در Vorkuta زندانی میشود. میسون و رزنوف جرغه یک شورش و فرار دست جمعی را از این زندان میزنند ولی فقط میسون موفق به فرار میشود.

یک ماه بعد، رئیس جمهور آمریکا، جان اف کندی دستور قتل دراگوویچ را میدهد. در نوامبر 1963، میسون، وودز، بومن و ویور به Baikonur، اولین و بزرگترین پایگاه فضایی دنیا در آلماتی قراقستان حمله میکنند تا برنامه فضایی شوروی را متوقف کنند و اعضای مرتبط با این برنامه را از بین ببرند. اعضا نازیهایی هستند که در قبال گرفتن کلیسا از روسیه دانششان را در اختیار آنها گذاشته اند. در شروع عملیات، ویور دستگیر میشود و میسون کراوچنکو را میبیند که او را شکنجه میکند و چشم چپ او را سوراخ میکند، ولی میسون و تیم او بعدا او را نجات میدهند و همچنین فضانورد Soyuz را هم نابود میکنند. دراگوویچ از مهلکه جان سالم به در میبرد و در پنج سال بعدی به دنبال میسون میگردد.



در 1968، MACV-SOG در ویتنام برپا شد تا از اسرای شوروی بازجویی کند. بعد از دفاع Khe Sanh، SOG به Hue رزم آرایی میکند و در طول حمله Tet باید پرونده اطلاعاتی را درباره دراگوویچ از یک خائن روسی سر هم کند. تیم پرونده را بازیابی میکند و وقتی میسون با رزنوف برخورد میکند مشخص میشود که او همان خائن روسی است. سپس SOG به لائوس رخنه میکند تا محموله Nova-6 را از یک هواپیمای سقوط کرده شورویایی پس بگیرد. در محل سقوط هواپیما، آنها توسط گروهی از ویت ***گ ها و سربازان Spetznaz مورد حمله قرار میگیرند و دستگیر میشوند. میسون و رزنوف فرار میکنند ولی بومن اعدام میشود و وودز هم در حین کشتن کراوچنکو کشته میشود.

در ضمن، هادسون و ویور از دکتر دانیل کلارک بازجویی میکنند، مهندسی که Nova-6 را اختراع کرد. کلارک استاینر را به عنوان بخشی از توطئه شناسایی میکند و محل یک کارخانه مخفی را در کوه یاماناتو قبل از کشته شدن توسط مردان دراگوویچ لو میدهد. هادسون و ویور به کوه یاماناتو میروند تا کارخانه را نابود کرده و استاینر را دستگیر کنند. در طی ماموریت، هادسون یک مکامله از استاینر دریافت میکند که در آن استاینر میخواهد در دریای آرال در جزیره Rebirth ملاقاتی داشته باشد تا روش متوقف کردن یک ایستگاه رادیویی موج کوتاه را یاد بگیر تا با آن بتواند با آن گاز Nova-6 را در شهرهای آمریکا منتشر کند. میسون و رزنوف به جزیره Rebirth میرنود تا استاینر را بکشند. در حال حاظر میسون مطمئن است که رزنوف استاینر را کشته است ولی هادسون در این مورد شک دارد. در این نقطه، هادسون و ویور به عنوان بازجویان میسون شناسایی میشوند. هادسون درمیابد که دراگوویچ میسون را شستشوی مغزی داده تا ایستگاههای رادیویی را یاد بگیرد و به خصوص اینکه تبدیل به یک جاسوس طولانی مدت برای شوروی شود. بدون اجازه، هادسون ، میسون را آزاد میکند به شرطی که به گفته های او عمل کند.



معلوم میشود که رزنوف واقعی در طول شورش Vorkuta مرده است و بصیرت میسون در مورد رزنوف نتیجه یک روانشناسی است که طی یک برنامه شست و شوی مغزی انجام گرفته شده است. رزنوف در حقیقت میسون را وادار کرد که دراگوویچ، کراوچنکو و استاینر را بکشد در عوض رئیس جمهور کندی. هادسون تعدادی از ضبط شده های میسون را برای آخرین بار پخش میکند و او را وادار میکند که محل کشتی بازی روسی را به یاد آورد.

در موقع طلوع آفتاب تیم حمله ای به Rusalka میکند. هادسون و میسون وارد یک ایستگاه داخل آبی رادیویی و تلوزیونی میشوند که توسط یک کشتی محافظت میشود. این ایستگاه متعلق به شوروی است و به عنوان یک مرکز بعد از حمله Nova-6 استفاده میشود. روسالکا یک ایستگاه رادیویی موج کوتاه است. هادسون به نیروی دریایی ایالات متحده تماس میگیرد تا کشتی و ایستگاه زیر آن را نابود کنند. میسون و هادسون بلاخره دراگوویچ را در پایین ترین سطوح کارخانه پیدا میکنند و موفق به کشتن او میشوند. قبل از اینکه بیس نابود شود و شنا میکنند و به سطح آب می آیند. ویور فکر میکند پیروز شده اند ولی میسون مطمئن نیست.

مدارک آرشیو قبل از ترور کندی نشان داهد میشود و مجری و میسون نیز شماره های رندومی را به زبان می آوردند. بعد از یک ثانیه پخش از آرشیو، میسون در داخل جمعیت نشان داده میشود و آخرین کلمات دراگوویچ نشان میدهد که میسون از برنامه اصلی او پیروی میکرده است.